Universitas Mulawarman berdiri sejak Tanggal 7 Juni 1962 melalui Keputusan Gubernur Kepala Daerah Tingkat I Kalimantan Timur Nomor: 15/PPK/KDH/1962 didirikan sebuah perguruan tinggi dengan nama Perguruan Tinggi Mulawarman di Kota Samarinda. berdasarkan Surat Keputusan Menteri Pendidikan dan Ilmu Pengetahuan Nomor: 130 tahun 28 September 1962, yang selanjutnya tanggal 27 September 1962 dikenang sebagai tanggal berdirinya Unmul. Universitas Mulawarman sebagai bagian dari perguruan tinggi negeri yang mengemban peran untuk meningkatkan sumber daya manusia yang madani Indonesia, memiliki visi menjadi  “Universitas berstandar internasional yang mampu berperan dalam pembangunan bangsa melalui pendidikan, penelitian, dan pengabdian kepada masyarakat yang bertumpu pada sumber daya alam, khususnya hutan tropis lembab ( tropical rain forest) dan lingkungan-nya”. Visi tersebut menjadi dasar tersusunnya Pola Ilmiah Pokok (PIP) universitas, yang dipilih sebagai spesifikasi dari potensi dan pentingnya Unmul menjadi “Center of excellence in tropical studies.

Sejak tahun 2015 Lembaga Pengembangan Pendidikan dan Penjaminan Mutu (LP3M) Universitas Mulawarman secara struktural ada dalam organisasi dan tata Kelola Universitas Mulawarman  berdasarkan Permenristekdikti No. 09 tahun 2015.  Berdasarkan Pasal 93 LP3M bertugas untuk melaksanakan koordinasi, pelaksanaan, pemantauan, dan evaluasi kegiatan peningkatan dan pengembangan pembelajaran dan penjaminan mutu pendidikan. Kebijakan di tingkat Universitas memberikan tanggung jawab kepada LP3M sebagai pelaksana pengembangan mutu pendidikan baik dari mutu sumberdaya (dosen/tenaga pendidik) maupun sumber pembelajaran. LP3M berfungsi untuk menyusun rencana, program, dan anggaran lembaga, melaksanakan peningkatan dan pengembangan pembelajaran, mengkoordinasi pelaksanaan kegiatan peningkatan pembelajaran, pengembangan pembelajaran, dan penjaminan mutu pendidikan, memantau dan mengevaluasi peningkatan pembelajaran, pengembangan pembelajaran, dan penjaminan mutu pendidikan, dan melaksanakan urusan administrasi lembaga.